Die Geschäftsbereiche von DI Markus Pernthaler erstrecken sich vom Städtebau und öffentlichem Raum über Wohnen und Freizeit sowie Kultur und Bildung bis hin zu Industrie, Gewerbe und Verkehr. In jüngerer Zeit beschäftigt sich der Architekt zunehmend mit der gesamten Entwicklung größerer Projekte.